二次革命失败后，孙中山流亡日本。图为1913年8月，他从上海经台湾赴日本途中。
苏联政府除了在经济上、物资上给军校提供了大量援助之外，还为军校派来了顾问团，担任军校新式教育的指导工作。还在筹建军校时，总顾问鲍罗廷鉴于军校缺乏大批有政治觉悟和丰富经验的军事干部，受孙中山的嘱托，于1924年4月和加拉罕一起联名向莫斯科求援。同年5月，由首席军事顾问巴甫洛夫率领的军事顾问团到达广东。黄埔军校开学后，涉及各门学科的苏联顾问多人陆续到军校工作。是年 7月，首席军事顾问巴甫洛夫在东江视察时不幸溺水逝世后，由扬名中外的加伦（布留赫尔）接替首席顾问之职，并领导黄埔军校的苏联顾问小组工作。派往军校的苏联顾问，都是既有实践经验，又有相当理论素养的指挥员，他们根据苏联红军的经验，帮助军校制定教学计划，修订各种教程，亲自参加教课并作示范，从各方面为办好军校作出了重要的贡献。
黄埔军校的军事教育都是由苏联顾问负责指导，主要采取了当时苏联最新的军事理论和技术，进行讲授和训练。军校的军事教学课程分为学科和术科两类，学科主要教军事理论，术科主要教军事技术。由于当时军情紧迫，必须将原定三年一期的训练计划缩短为半年一期。为此，苏联顾问会同军校有关人士进行研究，抓了两项工作:一个是按六个月的训练要求，重新制定出军事教育计划，安排各项科目进度，并定出实施的详细办法；二是重新的编写典、范、令和战术、兵器、筑城、地形、交通通信五大教程。对于学科，他们按照新编的讲义，采取示范教学法，深入浅出，使学员在课程内容多时间少的情况下最大限度地掌握要领。至于术科，苏联顾问更是倾注了大量精力，几乎每个新科目，都由他们亲自示范和反复教练，指导学员们学会为止。此外，军校顾问还同学员一起实地考察，选择构筑工事的合理位置，培养他们的实际指挥能力。
黄埔军校的政治教育，在苏联顾问的指导和参与下，借鉴苏联红军的建设经验，制定了切实的教育内容和多样化的教育方法。教育内容着重基本的革命理论和革命知识，对三民主义和马克思主义采取兼收并蓄的方针，都允许在校内公开传布。军校的政治教育大纲规定的政治课多达26门，其中包括社会主义、三民主义、帝国主义、工人运动、农民运动、学生运动、苏联研究等方面的课程。如:《社会主义原理》、《中国农民运动》，《中国职工运动》、《军队政治工作》、《三民主义浅说》、《中国国民革命运动》、《帝国主义侵略中国史》等。军校的苏联顾问除了参与制定政治教育的内容和方法之外，还经常给学员作讲演。总顾问鲍罗廷多次来校，介绍十月革命的经验、苏联红军的生活及政治工作。加伦将军对军校的政治教育工作也很重视，强调要注意对学员进行政治教育以及军校在整个广东省政治形势中所起的作用。
为了在黄埔军校内设立政治委员制度，加伦和其他苏联顾问同蒋介石进行了多次交涉，这项提案终于获得国民党中执委的通过。这样，黄埔军校便仿效苏联红军的政治委员制度，破天荒地在中国军队中设置了党代表制度。这一制度的确立，对于党的路线和方针、政策的贯彻执行，防止军队成为个人独断专行的工具起了组织上的保证。军校在设立党代表制度的同时，还配置了政治部。在黄埔军校设立党代表与政治部制度，标志着一支新式革命军队建立的开始。
